类似于CRS（压缩行存储），存在一种压缩列存储（CCS），也被称为Harwell-Boeing稀疏矩阵格式[139]。CCS格式与CRS格式相同，只是存储（遍历）的是矩阵A的列而非行。换句话说，CCS格式就是矩阵A^T的CRS格式。
CCS格式由三个数组{val, row_ind, col_ptr}指定，其中row_ind存储每个非零元素的行索引，而col_ptr存储val数组中每个列起始元素的索引。矩阵A在(10.1)中的CCS格式如下所示：
| val | 10 | 3 | 3 | 9 | 7 | 8 | 4 | 8 | 8 \cdots 9 | 2 | 3 | 13 | -1 |
| row_ind | 1 | 2 | 4 | 2 | 3 | 5 | 6 | 3 | 4 \cdots 5 | 6 | 2 | 5 | 6 |
| col_ptr | 1 | 4 | 8 | 10 | 13 | 17 | 20 |